Заслуженный артист России, лауреат Государственной премии РФ.
По окончании Московской государственной консерватории (1985) был приглашен на должность хормейстера в Московский академический музыкальный театр им. К.С. Станиславского и Вл.И. Немировича-Данченко. В 1991 г. он вместе с Евгением Колобовым и Натальей Попович стоял у истоков создания Московского театра Новая Опера. В 1998 году Сергей Лысенко стал исполнительным директором, а в период 2003 —2012 гг. занимал должность директора театра Новая Опера.
Сергей Лысенко совмещал организационную работу с творческой, в начале как хормейстер, затем и как оперно-симфонический дирижер репертуарных постановок театра: «Руслан и Людмила» М. И. Глинки, «Мария Стюарт» Г. Доницетти, «О Моцарт! Моцарт», Реквием Дж. Верди.
Сергей Лысенко участвовал в записи 15 компакт-дисков театра Новая Опера.
Участие в постановках театра:
«Руслан и Людмила» М.И. Глинки — дирижер
«Мария Стюарт» Г. Доницетти — дирижер
«О Моцарт! Моцарт…» (реквием) — дирижер
«Валли» А. Каталани — хормейстер
«Демон» А.Г. Рубинштейна — хормейстер
«Россини» (музыкальный дивертисмент) — хормейстер
«Евгений Онегин» П.И. Чайковского — хормейстер
«Риголетто» Дж. Верди — хормейстер
Дискография:
П.И. Чайковский. Евгений Онегин (DVD) — хормейстер
Россини (DVD) — хормейстер
Дж. Верди. Риголетто (DVD) — хормейстер
Д. Шостакович Симфония № 13 (CD) — хормейстер
Иоанн Дамаскин С. Танеева и др. (CD) — хормейстер
Россини (CD) — хормейстер
Романсы П.И. Чайковского и С.В. Рахманинова (CD) — хормейстер
П. Чайковский. Евгений Онегин (CD) — хормейстер
Классика через века (CD) — хормейстер